Высококачественная сборка генома черной львинки (Hermetia illucens L.) на уровне хромосом

Hermetia illucens L. (Diptera: Stratiomyidae), или черная львинка, приобретает всё большее значение как вид, используемый для биоконверсии органических материалов в корм для животных. Мы создали высококачественную сборку генома черной львинки на уровне хромосом с использованием технологий Pacific Bioscience, связанных чтений 10X Genomics и высокопроизводительного секвенирования методом захвата конформации хромосом. В результате скаффолдинга финальной сборки по данным Hi-C получен высококонтигный геном размером 1,01 Гб: 99,75% скаффолдов были собраны в псевдохромосомы, соответствующие семи хромосомам; значения N50 для контигов и скаффолдов составили 16,01 и 180,46 Мб соответственно. Полнота полученного генома по BUSCO составила 98,6%. Повторяющиеся последовательности составили 67,32% генома; с помощью конвейера BRAKER2 аннотировано 16 478 белок-кодирующих генов. Мы проанализировали лабораторную популяцию для изучения геномной изменчивости и структуры генома черной львинки и выявили шесть аутосом и одну X-хромосому. Кроме того, по протяжённым участкам гомозиготности мы оценили коэффициент инбридинга в лабораторной популяции, который составил 1,9%. Это свидетельствует о случаях инбридинга, включая наличие протяжённых участков гомозиготности на хромосоме 5. Представленная новая сборка генома черной львинки на уровне хромосом станет улучшенным ресурсом для дальнейших геномных исследований, функциональной характеристики представляющих интерес генов и генетической модификации этого экономически важного вида.