Клиническая оценка усовершенствованного теста метагеномного секвенирования нового поколения для диагностики инфекций кровотока

Введение: Метагеномное секвенирование внеклеточной ДНК плазмы нового поколения (mNGS) стало многообещающей диагностической технологией для выявления инфекций кровотока. Однако основное ограничение современных тестов mNGS — высокая частота ложноположительных результатов из-за контаминации.

Методы: Мы оригинально использовали 3 группы контроля — внешние отрицательные контроли под длительным наблюдением, образцы крови с отрицательным результатом при стандартных тестах и группу здоровых лиц. Эти группы были объединены и предназначались для различения контаминантов, возникающих при взятии биоматериала, обработке образцов и из нормальной микрофлоры человека. Кроме того, мы предложили новые маркеры для исключения ложноположительных межвидовых находок. Этот алгоритм ретроспективно применили к 209 клиническим образцам плазмы от пациентов с подозрением на инфекцию кровотока. Каждый выявленный mNGS-патоген был пересмотрен для оценки диагностической эффективности алгоритма.

Результаты: Разработанный алгоритм mNGS показал клиническую чувствительность 87,1%, клиническую специфичность 80,2%, положительную прогностическую ценность 77,9% и отрицательную прогностическую ценность 88,6% по сравнению с составным референсным стандартом. Примечательно, что mNGS обеспечило существенное повышение клинической специфичности по сравнению с текущим тестом при сохранении высокой клинической чувствительности.

Выводы: Алгоритм mNGS с несколькими группами контроля, предназначенными для различения непатогенных микроорганизмов и истинных возбудителей, уменьшает число ложноположительных результатов. Оптимизация рабочего процесса и тщательное использование контролей могут сделать mNGS мощным инструментом для выявления возбудителей инфекций кровотока.