Масштабный анализ cis- и trans-eQTL выявляет тысячи генетических локусов и полигенных шкал, регулирующих экспрессию генов в крови

Генетические варианты, ассоциированные с признаками, влияют на сложные фенотипы преимущественно через регуляторные механизмы, воздействующие на транскриптом. Чтобы изучить генетику экспрессии генов, мы выполнили анализы cis- и trans-локусов количественных признаков экспрессии (eQTL) по данным экспрессии, полученным из крови у 31 684 человек, в рамках консорциума eQTLGen. Мы выявили cis-eQTL для 88% генов, и они воспроизводились во многих тканях. Отдалённые trans-eQTL (обнаружены для 37% из 10 317 протестированных вариантов, ассоциированных с признаками) имели более низкую воспроизводимость, отчасти из-за недостаточной мощности для репликации и смешения, обусловленного клеточным составом. Однако анализы репликации в данных одно-клеточной РНК-секвенции позволили выделить внутриклеточные trans-eQTL. Trans-eQTL реализовывали свои эффекты через несколько механизмов, главным образом посредством регуляции со стороны транскрипционных факторов. Экспрессия 13% генов коррелировала с полигенными шкалами для 1 263 фенотипов, указывая на потенциальные драйверы этих признаков. В целом эта работа представляет собой крупный ресурс eQTL, а её результаты служат отправной точкой для углублённой интерпретации сложных фенотипов.