Метод классификации молекулярных подтипов рака мочевого пузыря на основе количественной ПЦР: экспрессия генов стромы обладает большей прогностической ценностью, чем экспрессия генов опухолевых клеток

Молекулярные подтипы мышечно-инвазивного рака мочевого пузыря (MIBC), определяемые по данным транскриптомного анализа, обладают прогностической и предиктивной ценностью, однако в рутинной клинической практике их не используют. Целью исследования была разработка доступного метода молекулярного подтипирования на основе количественной ПЦР с обратной транскрипцией (RT-qPCR). Сначала была сформирована панель из 68 генов, охватывающая сигнатуры, характерные для опухоли (люминальная, базальная, плоскоклеточная, нейрональная, эпителиально-мезенхимального перехода и карциномы in situ), и стромальные сигнатуры (иммунная, внеклеточного матрикса и p53-подобная). Затем на основе этой панели были разработаны классификаторы с помощью вычислительного моделирования и проведена их валидация на общедоступных наборах данных с известной классификацией подтипов (MD Anderson [MDA], The Cancer Genome Atlas [TCGA], Lund, Consensus). Наконец, экспрессию выбранных 68 генов определили методом RT-qPCR на платформе TaqMan Array Card в 104 замороженных образцах тканей из когорты пациентов с MIBC; подтипы образцов определили с помощью разработанных классификаторов. Оценили прогностическую ценность каждой системы классификации и баллов молекулярных сигнатур. Сокращённая панель маркеров в сочетании с разработанными классификаторами позволила воспроизвести классификации подтипов TCGA II, MDA, Lund и Consensus с совпадением 79%, 76%, 69% и 64% соответственно. Важно отметить, что с помощью RT-qPCR удалось классифицировать 96% образцов MIBC (100 из 104). Нейрональный и люминальный подтипы, а также низкая экспрессия стромальных генов были связаны с худшей выживаемостью. Таким образом, разработан надёжный и практически применимый метод молекулярного подтипирования по классификациям TCGA II, MDA, Lund и Consensus. Полученные результаты показывают, что стромальные сигнатуры обладают большей прогностической ценностью, чем сигнатуры, характерные для опухолевых клеток, и подчёркивают важность взаимодействия опухоли и стромы в прогрессировании MIBC.