Детализированный стратифицированный анализ ассоциаций по данным полногеномного исследования тяжёлого COVID-19 в четырёх европейских популяциях

С учётом значительной вариабельности клинических проявлений коронавирусной инфекции 2019 года (COVID-19) углублённый анализ вклада генетических факторов организма-хозяина в развитие тяжёлого COVID-19 важен для понимания лежащих в основе заболевания механизмов. Мы представляем расширенный метаанализ полногеномного исследования ассоциаций, выполненного в тщательно охарактеризованной когорте из 3255 пациентов с COVID-19 и дыхательной недостаточностью и 12 488 популяционных контрольных участников из Италии, Испании, Норвегии и Германии/Австрии. Анализ включал стратификацию по возрасту, полу и тяжести заболевания, а также целевые исследования гаплотипов Y-хромосомы, региона человеческого лейкоцитарного антигена и пептидома SARS-CoV-2. С помощью импутации инверсий ранее выявленную ассоциацию в локусе 17q21.31 удалось связать с полиморфизмом инверсии размером около 0,9 Мб, формирующим два резко различающихся гаплотипа; возможные эффекты этой инверсии были подробно охарактеризованы. Наши данные вместе с пятой версией сводной статистики COVID-19 Host Genetics Initiative, включавшей лиц неевропейского происхождения, позволили также выявить новый локус 19q13.33, содержащий ген NAPSA, который преимущественно экспрессируется в альвеолярных клетках, обеспечивающих газообмен в лёгких.