Пространственная транскриптомика: технологии, области применения и особенности проведения экспериментов

Разнообразные типы клеток органа имеют строго организованное пространственное расположение, необходимое для их эффективного и правильного функционирования. Чтобы в полной мере понять функции генов в конкретном типе клеток, необходимо знать уровень, время и место их экспрессии. Классическое массовое секвенирование РНК и широко применяемое одноклеточное секвенирование разрушают пространственную организацию клеток и не позволяют получить информацию об их локализации. Между тем пространственное расположение экспрессии генов или клеток в сложной ткани даёт ключевые сведения о том, как соседние гены и клетки взаимодействуют, передают сигналы и совместно выполняют свои функции. Потребность в сохранении пространственной информации стала одним из факторов стремительного развития технологий пространственной транскриптомики в последние годы. В статье представлен обзор современных технологий пространственной транскриптомики с особым вниманием к методам, доступным в продаже или находящимся на этапе коммерциализации; рассмотрены области их применения и обсуждены особенности планирования первого эксперимента.