Точное предсказание структуры биомолекулярных взаимодействий с помощью AlphaFold 3

Появление AlphaFold 2 вызвало революцию в моделировании структуры белков и их взаимодействий, открыв широкие возможности для моделирования и конструирования белков. Здесь мы описываем модель AlphaFold 3 с существенно обновленной архитектурой на основе диффузии, которая способна предсказывать совместную структуру комплексов, включающих белки, нуклеиновые кислоты, малые молекулы, ионы и модифицированные остатки. Новая модель AlphaFold демонстрирует значительно более высокую точность по сравнению со многими прежними специализированными инструментами: существенно более высокую точность для взаимодействий белок—лиганд по сравнению с современными инструментами докинга, значительно более высокую точность для взаимодействий белок—нуклеиновая кислота по сравнению с предикторами, специфичными для нуклеиновых кислот, и существенно более высокую точность предсказания антиген—антитело по сравнению с AlphaFold-Multimer v.2.3. В совокупности эти результаты показывают, что высокоточное моделирование во всем пространстве биомолекул возможно в рамках единой унифицированной структуры глубокого обучения.12-67,8