Исключительное энтеральное питание запускает индивидуальные защитные изменения микробиоты, способствующие достижению ремиссии у детей с болезнью Крона

Исключительное энтеральное питание (ИЭП) — терапия первой линии при болезни Крона (БК) у детей, однако механизмы его защитного действия остаются неизвестными. Мы сформировали проспективную когорту детей, чтобы изучить функциональные свойства фекальной микробиоты и изменения метаболитов у ранее не получавших лечения пациентов с БК в ответ на ИЭП (Немецкий реестр клинических исследований, DRKS00013306). Интегративный мультиомный анализ выявил сетевые кластеры на фоне индивидуальной изменчивости микробиоты; к защитным признакам относились семейство Lachnospiraceae и жирные кислоты со средней длиной цепи. Метод биортогонального мечения неканоническими аминокислотами позволил избирательно выявить виды бактерий, реагирующие на жирные кислоты со средней длиной цепи. Метагеномный анализ выявил выраженную динамику изменений на уровне штаммов в ответ на ИЭП. Функциональные изменения фекальной микробиоты после воздействия диеты дополнительно подтвердили в хемостатных моделях кишечника и при переносе микробиоты безмикробным мышам с дефицитом Il10. В модельных условиях питания характерные для отдельных пациентов штаммовые профили предотвращали или вызывали у гнотобиотических мышей воспаление, подобное воспалительному заболеванию кишечника (ВЗК). Таким образом, получены данные о том, что терапия ИЭП действует за счёт определённых функциональных изменений микробиоты, меняющихся во времени и индивидуальных для каждого пациента.