Характеристика вагинальных микробиомов в образцах, полученных клиницистами и диагностированных как бактериальный вагиноз

Бактериальный вагиноз (БВ) — это разновидность воспаления влагалища, обусловленная избыточным ростом бактерий, который нарушает нормальный микробиом влагалища. Существующие клинические тесты для диагностики БВ в основном основаны на физикальном и микроскопическом исследовании влагалищных выделений. Современные клинические тесты на основе ПЦР нацелены на панели микробов, ассоциированных с БВ, например тест Labcorp NuSwab, который нацелен на(),, и. Остаточные вагинальные мазки, взятые клиницистами для NuSwab, подвергли экстракции ДНК и секвенированию гена 16S рРНК V3-V4 для профилирования микробов, не включенных в тест Labcorp NuSwab. Типы состояния сообщества (community state types, CST) определяли по наиболее представленному таксону, выявленному в каждом образце. Результаты ПЦР для микробных мишеней панели NuSwab сопоставляли с соответствующими профилями микробиома. Представленность метаболических путей оценивали с помощью метагеномного прогнозирования по вариантам ампликонных последовательностей (ASV). Секвенирование гена 16S рРНК V3-V4 из 75 остаточных вагинальных мазков выявило 492 уникальных ASV 16S V3-V4 и 83 уникальных рода. Количественные показатели микробов по NuSwab строго согласовывались с количественной оценкой по секвенированию (P < 0,01). Образцы CST-I (18 из 18, 100%), CST-II (3 из 3, 100%), CST-III (15 из 17, 88%) и CST-V (1 из 1, 100%) в основном классифицировались панелью NuSwab как БВ-отрицательные, тогда как большинство образцов CST-IV (28 из 36, 78%) были БВ-положительными или БВ-неопределенными. Ассоциированные с БВ микробные и предсказанные метаболические сигнатуры были общими для нескольких типов CST. Эти результаты подтверждают надежную количественную оценку микробов, ассоциированных с БВ в Labcorp NuSwab, на основе секвенирования, точное различение типов вагинального микробиома, доминируемых различными таксонами, и расширяют представление о бактериальных и метаболических биомаркерах, ассоциированных с БВ.

Значимость: Бактериальный вагиноз представляет значимую медико-социальную проблему для женщин репродуктивного возраста и старше. Современная диагностика БВ опирается либо на панели отдельных микробов, либо на физикальное и микроскопическое исследование, выполняемое лаборантами. Здесь мы секвенировали профили микробиома образцов, ранее диагностированных тестом Labcorp NuSwab, чтобы лучше понять нарушения вагинального микробиома при БВ. Мы показываем, что микробное секвенирование может достоверно воспроизводить целевые результаты ПЦР-диагностики и расширять представления о нормальных и ассоциированных с БВ микробных и метаболических биомаркерах. Эта работа подчеркивает надежную, независимую от предварительных допущений схему классификации БВ с потенциалом для дальнейшей разработки секвенирования как диагностического инструмента при БВ. Atopobium Fannyhessea vaginae Megasphaera-1 Bacterial Vaginosis Associated Bacterium (BVAB)-2 Lactobacilli