Геномные и транскриптомные различия между нейроэндокринными новообразованиями и карциномами, ассоциированными с вирусом папилломы человека

Введение: Вирус папилломы человека (ВПЧ) — общепризнанный онкогенный вирус, участвующий в развитии ряда эпителиальных злокачественных опухолей, прежде всего рака шейки матки, аногенитальной области и ротоглотки. Напротив, нейроэндокринные новообразования (НЭН) — гетерогенная группа опухолей, происходящих из нейроэндокринных клеток различных органов — традиционно не связывались с ВПЧ-инфекцией. В данном исследовании проведено масштабное геномное и транскриптомное профилирование для сравнения ВПЧ-положительных НЭН с ВПЧ-положительными карциномами другой гистологической структуры (не НЭН) различной локализации с целью поиска биологически и клинически значимых различий.

Методы: Из базы данных Caris Life Sciences (Финикс, Аризона), включающей результаты секвенирования ДНК и РНК 101 343 солидных опухолей, были отобраны случаи с наличием ВПЧ 16-го и 18-го типов. Рассчитывалась частота патогенных мутаций и амплификаций числа копий генов. Для статистического анализа использовали точный критерий Фишера и критерий хи-квадрат с поправкой на множественные сравнения (p < 0,05).

Результаты: ВПЧ чаще всего выявлялся при раке шейки матки (70%, 1200/1716). Важно отметить, что 6% (96/1620) всех исследованных НЭН независимо от локализации были положительны на ВПЧ 16-го или 18-го типа. Среди ВПЧ-положительных НЭН 93% были представлены опухолями высокой степени злокачественности по сравнению с 54% в группе ВПЧ-отрицательных НЭН (p < 0,001), что указывает на выраженную связь ВПЧ с агрессивностью опухоли в этой подгруппе. Анализ опухолей типичных для ВПЧ локализаций (шейка матки, аноректальная область, голова и шея) показал, что ВПЧ-положительные НЭН имеют уникальный геномный и транскриптомный профиль, отличный от других ВПЧ-ассоциированных карцином. В частности, в ВПЧ-положительных НЭН было значительно подавлено интерфероновое сигналирование, что свидетельствует об особых характеристиках опухолевого иммунного микроокружения.

Выводы: Результаты исследования демонстрируют, что ВПЧ-положительные НЭН образуют самостоятельную группу опухолей с уникальными геномными характеристиками, включая снижение активности интерферонового пути. Дальнейшее изучение статуса ВПЧ в сочетании с молекулярным профилированием может помочь в разработке персонализированных стратегий лечения этой редкой, но клинически значимой подгруппы новообразований.