Домен-специфичный зонд EUB338 недостаточен для выявления всех бактерий: разработка и оценка более полного набора зондов

Гибридизация in situ с олигонуклеотидными зондами, направленными на рРНК, широко применяется для непосредственного анализа структуры микробных сообществ в сложных природных и искусственных системах. В таких исследованиях зонд EUB338 (Amann et al., 1990) обычно используют для количественной оценки бактерий домена Bacteria, имеющих достаточно высокое содержание рибосом в клетке. Однако недавний пересмотр охвата зонда EUB338 на основании всех общедоступных последовательностей 16S рРНК показал, что с его помощью не выявляются представители важных бактериальных типов, прежде всего Planctomycetales и Verrucomicrobia. Поэтому мы разработали и оценили два дополнительных варианта зонда EUB338 — EUB338-II и EUB338-III, предназначенных для выявления in situ большинства представителей типов, не обнаруживаемых с помощью EUB338. Для оптимизации условий гибридизации при повышении её строгости регистрировали кривые диссоциации in situ для организмов-мишеней и организмов, не являющихся мишенями. Для этого был разработан алгоритм обработки цифровых изображений. Гибридизация in situ сложного сообщества биоплёнки с применением трёх зондов EUB338 показала присутствие значительного числа организмов-мишеней для зондов EUB338-II и EUB338-III. Совместное применение EUB338, EUB338-II и EUB338-III должно обеспечить более точную количественную оценку бактерий домена Bacteria в будущих исследованиях молекулярной экологии.