Карта геномных локусов HLA: экспрессия, взаимодействия, разнообразие и заболевания

Суперлокус HLA человека — это геномная область в хромосомной позиции 6p21, которая кодирует шесть классических трансплантационных генов HLA и не менее 132 белоккодирующих генов, играющих важную роль в регуляции иммунной системы, а также в ряде других фундаментальных молекулярных и клеточных процессов. Этот небольшой участок генома человека связан более чем со 100 различными заболеваниями, включая такие распространённые болезни, как сахарный диабет, ревматоидный артрит, псориаз, астма и различные другие аутоиммунные расстройства. Первую полную и непрерывную геномную последовательность HLA длиной 3,6 Мб сообщили в 1999 году с аннотацией 224 генетических локусов, включая кодирующие и некодирующие гены, которые были подробно рассмотрены в 2004 году. В этом обзоре представлены: (1) обновлённый список всех символов генов HLA, названий генов, статуса экспрессии, номеров Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), включая новые гены и последние изменения названий и символов генов; (2) региональный анализ расширенной области класса I, класса I, класса III, класса II и расширенной области класса II; (3) сводка о межгенных повторах (ретротранспозонах и транспозонах); (4) примеры последовательностного разнообразия между различными гаплотипами HLA; (5) внутригрупповые и внегрупповые взаимодействия генов HLA; (6) некоторые профили экспрессии генов HLA и гены HLA, ассоциированные с аутоиммунными и инфекционными заболеваниями. В целом степень и типы согласованной экспрессии генов суперлокуса HLA и его генетической вариабельности ещё не полностью выяснены, интегрированы и определены для процессов, участвующих в нормальной клеточной и тканевой физиологии, воспалительном и иммунном ответе, а также в аутоиммунных и инфекционных заболеваниях.