Оценка опухолевой чистоты и примеси стромальных и иммунных клеток по данным экспрессии генов

Инфильтрирующие стромальные и иммунные клетки составляют основную часть нормальных клеток в опухолевой ткани и не только искажают опухолевый сигнал в молекулярных исследованиях, но и играют важную роль в биологии рака. Здесь мы описываем ESTIMATE — метод «оценки стромальных и иммунных клеток в злокачественных опухолях по данным экспрессии», который использует генные сигнатуры экспрессии для определения доли стромальных и иммунных клеток в опухолевых образцах. Показатели ESTIMATE коррелируют с опухолевой чистотой, определяемой по числу копий ДНК, в образцах 11 различных типов опухолей, профилированных на платформах Agilent, Affymetrix или с помощью секвенирования РНК и доступных в The Cancer Genome Atlas. Прогностическая точность дополнительно подтверждена на 3809 транскриптомных профилях, доступных в открытом доступе. Метод ESTIMATE позволяет учитывать нормальные клетки, связанные с опухолью, в геномных и транскриптомных исследованиях. Библиотека R доступна по адресу https://sourceforge.net/projects/estimateproject/.