AdapterRemoval v2: быстрое удаление адаптеров, их идентификация и объединение прочтений

Введение: По мере увеличения длины прочтений, генерируемых платформами высокопроизводительного секвенирования, всё чаще ожидается наличие адаптерных последовательностей в данных, полученных из коротких вставок, например из ископаемого и деградировавшего материала. Для обработки растущего объёма данных, получаемых за один запуск секвенирования, необходимы эффективные алгоритмы удаления адаптеров.

Результаты: Представлена AdapterRemoval v2 — существенно переработанная версия AdapterRemoval v1, в которой реализованы: (i) значительное повышение пропускной способности благодаря использованию инструкций SIMD (одна инструкция — множество данных; SSE1 и SSE2) и многопоточности; (ii) обработка наборов данных, содержащих прочтения или пары прочтений с различными адаптерами или парами адаптеров; (iii) одновременное демультиплексирование и удаление адаптеров; (iv) реконструкция адаптерных последовательностей по парным прочтениям для недостаточно документированных наборов данных; (v) встроенная поддержка форматов gzip и bzip2.

Выводы: По результатам сравнения с существующими инструментами AdapterRemoval v2 показала конкурентоспособные характеристики и более высокую пропускную способность, чем большинство рассмотренных альтернатив, как в однопоточном, так и в многопоточном режиме.