Данные микробиома имеют композиционную природу: и это не является необязательным

Данные, полученные методом высокопроизводительного секвенирования ампликонов гена 16S рРНК, метагеномов или метатранскриптомов, широко используются для изучения заболеваний человека, экологических различий между участками и искусственной среды. Все чаще признается, что наборы данных микробиома, полученные при высокопроизводительном секвенировании, имеют композиционную природу, поскольку прибор задает им произвольную общую сумму, однако многие исследователи либо не осознают этого, либо предполагают у композиционных данных определенные свойства.

Цель этого обзора — предупредить исследователей об опасностях, связанных с игнорированием композиционной природы данных, и подчеркнуть, что наборы данных высокопроизводительного секвенирования, полученные в исследованиях микробиома, могут и должны рассматриваться как композиции на всех этапах анализа. Кратко представлены композиционные данные, показаны ошибки, возникающие при некорректном анализе композиционных данных, и даны рекомендации со ссылками на ресурсы и примеры анализа наборов данных микробиома с использованием композиционного анализа данных.