Долгосрочная стабильность урогенитальной микробиоты у бессимптомных европейских женщин

Введение: На сегодняшний день сведения о здоровой женской мочевой микробиоте доступны преимущественно на уровне родов и получены в одну временную точку. Однако детальная характеристика здорового урогенитального микробиома на уровне видов и оценка его стабильности во времени необходимы для правильной интерпретации его роли в поддержании здоровья урогенитального тракта. В этом исследовании урогенитальный микробиом женщин изучали в две временные точки с интервалом до 2,5 года у молодых бессимптомных европейских женщин. Для оценки стабильности видов в составе здоровой урогенитальной микробиоты использовали культуральный подход с точной идентификацией изолятов методом MALDI-TOF MS и секвенированием генетических маркеров.

Результаты: Расширенное культуральное исследование пар образцов мочи средней порции выявило среднее значение индекса разнообразия Шеннона 1,25 и в среднем 19 видов на образец (от 5 до 39 видов; всего 115 видов и 1830 изолятов). Высокая общая вариабельность видового состава между участницами была подтверждена показателями бета-разнообразия и наличием различных типов структуры микробного сообщества. Наиболее крупный кластер характеризовался преобладанием Lactobacillus crispatus, часто в сочетании с Gardnerella vaginalis или Gardnerella genomospecies 3. Были выявлены значимые различия состава урогенитальной микробиоты, связанные с Finegoldia magna и Streptococcus anginosus, в зависимости от статуса курения. Внутри отдельных участниц отмечалась высокая вариабельность видового состава: стандартное отклонение индекса Шеннона превышало 0,5 в 7 из 10 пар образцов, а доля общих видов составляла в среднем 29% (от 9,1 до 41,7%). Кроме того, 4 из 10 пар образцов относились к одному и тому же типу структуры сообщества. В стабильных парах образцов выявлялось высокое содержание Lactobacillus crispatus, Streptococcus agalactiae либо Lactobacillus paragasseri и Bifidobacterium spp. Кроме того, у отдельных участниц часто сохранялось высокое содержание Gardnerella vaginalis, Gardnerella genomospecies 3 или Gardnerella swidsinskii.

Выводы: У бессимптомных европейских женщин при исследовании урогенитального микробиома в две отдалённые временные точки часто наблюдались изменения видового состава. Это указывает на возможное взаимное замещение отдельных видов в составе здоровой урогенитальной микробиоты и существование у некоторых женщин нескольких вариантов состава микробиоты, ассоциированных со здоровьем. Кроме того, получены дополнительные данные об устойчивости отдельных бактериальных сообществ и выявлены виды, более склонные к персистированию в урогенитальном тракте. Исследование позволило уточнить сложность состава урогенитальной микробиоты, что важно для изучения её роли в поддержании здоровья урогенитального тракта и выявления эубиотических и дисбиотических вариантов микробиоты.