IOBR: многомодальное иммунно-онкологическое биологическое исследование для расшифровки микроокружения опухоли и сигнатур

Недавний прогресс в технологиях секвенирования нового поколения (NGS) привёл к быстрому накоплению общедоступных многомодальных омиксных наборов данных. Все большее внимание уделяется использованию интегрированных омиксных подходов для поиска надёжных сигнатур, пригодных для клинической трансляции, что связано с клиническим успехом ингибиторов контрольных точек иммунного ответа при различных злокачественных опухолях. Однако по-прежнему нужны эффективные инструменты для комплексной интерпретации многомодальных омиксных данных, чтобы глубже понять внутренние механизмы онкогенеза и чувствительности к иммунотерапии. Поэтому мы разработали вычислительный инструмент для эффективного иммунно-онкологического биологического исследования (IOBR), обеспечивающий комплексный анализ оценки ранее описанных или построенных пользователем сигнатур, деконволюции микроокружения опухоли и построения сигнатур на основе многомодальных омиксных данных. Примечательно, что IOBR позволяет проводить пакетный анализ этих сигнатур и их корреляций с клиническими фенотипами, профилированием длинных некодирующих РНК (lncRNA), геномными характеристиками и сигнатурами, полученными из данных одноклеточного секвенирования РНК (scRNA-seq), в различных онкологических контекстах. Кроме того, IOBR объединяет несколько существующих методов деконволюции микроокружения и инструментов построения сигнатур для удобного сравнения и выбора. В целом IOBR — удобный инструмент для использования многомодальных омиксных данных, который облегчает исследования в иммунно-онкологии, раскрывает взаимодействия между опухолью и иммунной системой и ускоряет развитие прецизионной иммунотерапии.