Комплексный биоинформатический анализ циклинзависимой киназы 2 (CDK2) при глиоме

Введение: Глиома — одна из наиболее распространённых злокачественных опухолей головного мозга; в последние годы её заболеваемость постоянно растёт. Согласно исследованиям, механизм регуляции CDK2 при глиоме может отличаться от такового при большинстве других типов рака.

Методы: Данные были получены из баз TCGA, GTEx, CGGA, CancerSEA и TISCH. Сравнивали экспрессию CDK2 в опухолевых и нормальных тканях, а также в различных группах пациентов с глиомой. Изучали и валидировали связь между экспрессией CDK2 и общей выживаемостью пациентов с глиомой; была построена прогностическая модель. Гены, ассоциированные с CDK2, анализировали с использованием обогащения по терминам GO и путям KEGG. Оценивали связь CDK2 с опухолевым иммунитетом и функциями опухоли. Определяли подтипы клеток глиомы, экспрессирующие CDK2.

Результаты: Экспрессия CDK2 при глиоме была выше, чем в нормальной ткани головного мозга. При глиомах высокой степени злокачественности экспрессия CDK2 была выше, чем при глиомах низкой степени злокачественности. При глиомах низкой степени злокачественности экспрессия CDK2 была выше в группах, связанных с неблагоприятными прогностическими факторами, тогда как при глиомах высокой степени злокачественности различий не выявлено. Экспрессия CDK2 была связана с худшей общей выживаемостью во всей группе пациентов с глиомой и отдельно в подгруппе с глиомами низкой степени злокачественности. Построена номограмма для прогнозирования выживаемости. Анализ обогащения показал, что низкая экспрессия CDK2 была связана с генами, регулирующими нормальные функции головного мозга, тогда как высокая экспрессия CDK2 — с генами, регулирующими иммунные клетки и опухолевые процессы. Экспрессия CDK2 отрицательно коррелировала с количеством B-клеток, CD4+- и CD8+-T-клеток. Положительная корреляция выявлена с эндотелиальными клетками, макрофагами и NK-клетками. В группе с высокой экспрессией CDK2 уровень экспрессии генов иммунных контрольных точек был выше; расчёты показали, что пациенты с низкой экспрессией CDK2 значительно чаще могут отвечать на иммунотерапию.

Выводы: CDK2 может служить потенциальным диагностическим и прогностическим биомаркером, а также новым маркером состояния опухолевой иммунной микросреды у пациентов с глиомой.