Выявление сети регуляции иммунных процессов длинными некодирующими РНК при пульпите

Введение: Длинные некодирующие РНК (lncRNA) — важные регуляторы различных биологических процессов, в том числе иммунной регуляции.

Методы: Учитывая важную роль иммунных реакций в развитии и прогрессировании пульпита, с помощью интегрированного алгоритма выявили иммунорегуляторные lncRNA и изучили сеть регуляции иммунных процессов с их участием при пульпите. Перед выявлением таких lncRNA данные из наборов GEO предварительно очистили. Для разделения иммунных подтипов пульпита использовали ConsensusClusterPlus. Различия между двумя подтипами по молекулярным функциям, клеточным компонентам и биологическим процессам оценивали с помощью анализа обогащения по базам данных GO и MSigDB.

Результаты: Разработан интегрированный алгоритм для точного отбора иммунорегуляторных lncRNA. В 17 категориях иммунных процессов выявили 790 иммунорегуляторных lncRNA, из которых 38 были изменены при пульпите. Связи между основными иммунорегуляторными путями и иммунорегуляторными lncRNA визуализировали с помощью Cytoscape. По дифференциально экспрессирующимся иммунорегуляторным lncRNA выделили два подтипа пульпита. Подтип 2 был сильнее связан с иммунными путями, чем подтип 1.

Выводы: Выявлены многочисленные иммунорегуляторные lncRNA и изучены потенциальные сети регуляции с их участием; также определены молекулярные подтипы пульпита. Эти результаты могут быть полезны для дальнейшего изучения воспалительных и иммунных процессов при пульпите.