Геномика вируса папилломы человека: понимание канцерогенности

Вирус папилломы человека (ВПЧ) вызывает практически все случаи рака шейки матки и многие опухоли других локализаций у мужчин и женщин. Однако канцерогенами классифицированы только 12 из 448 известных типов ВПЧ, и даже наиболее канцерогенный тип — ВПЧ16 — лишь в редких случаях приводит к развитию рака. Таким образом, ВПЧ необходим, но недостаточен для развития рака шейки матки; значение имеют и другие факторы, в том числе генетические особенности хозяина и вируса. За последнее десятилетие полногеномное секвенирование ВПЧ показало, что риск предраковых изменений и рака зависит даже от небольших различий между вариантами одного типа вируса; этот риск также различается в зависимости от гистологического типа опухоли и расовой или этнической принадлежности пациента. В этом обзоре эти данные рассматриваются в контексте жизненного цикла ВПЧ и эволюции вируса на разных уровнях генетического разнообразия: между типами, внутри одного типа и внутри организма хозяина. Обсуждаются также ключевые понятия, необходимые для интерпретации геномных данных о ВПЧ: особенности генома вируса, процессы, ведущие к канцерогенезу, роль APOBEC3 в инфекции ВПЧ и эволюции вируса, а также методы глубокого секвенирования с высоким покрытием, позволяющие изучать внутривирусную изменчивость, в отличие от подхода, основанного на единственной репрезентативной консенсусной последовательности. Учитывая сохраняющееся высокое бремя ВПЧ-ассоциированных опухолей, понимание канцерогенности ВПЧ важно для более глубокого изучения, профилактики и лечения опухолей, связанных с этой инфекцией.