Уникальная пролиферативная транскриптомная сигнатура эпителия у детей с эозинофильным эзофагитом, отвечающим на ингибиторы протонной помпы

Клинические исследования выявили два различных фенотипа ответа на лечение эозинофильного эзофагита (ЭоЭ): ответ на ингибиторы протонной помпы (ИПП; PPI-R) и отсутствие ответа на ИПП (PPI-UR). Насколько нам известно, комплексный анализ клинических, эндоскопических и транскриптомных данных методом RNA-Seq у пациентов с ЭоЭ до и после терапии ИПП ранее не проводился. Мы показали, что до начала лечения ИПП (при постановке диагноза) клинические, эндоскопические и гистологические данные биопсий пищевода у детей с ЭоЭ, относящихся к группам PPI-R и PPI-UR, не различались. Анализ RNA-Seq выявил общие иммунные и воспалительные транскрипционные сигнатуры в образцах биопсий пищевода при обоих фенотипах ЭоЭ, а также различающиеся сигнатуры, связанные с нейропептидной сигнализацией, клеточным циклом и делением клеток. Терапия ИПП привела к гистологической, эндоскопической и транскрипционной ремиссии при PPI-R ЭоЭ, но не при PPI-UR ЭоЭ. Сохранение активности заболевания при PPI-UR ЭоЭ было связано с воспалительными сигнатурами Th2 и транскриптомными сигнатурами дедифференцированного эпителия пищевода, тогда как при PPI-R ЭоЭ выявлялись гены, связанные с клеточным ответом на липополисахарид, защитой организма от вирусов и передачей сигналов интерферона I типа. Компьютерный анализ выявил общие и уникальные гены-драйверы заболевания при PPI-R и PPI-UR ЭоЭ. Полученные данные свидетельствуют о наличии у двух фенотипов ЭоЭ уникальных элементов транскриптомного профиля, лежащих в основе молекулярных особенностей заболевания при ответе и отсутствии ответа на ИПП.