Микробные комплексы в поддесневом зубном налёте

Уже давно известно, что виды бактерий в поддесневом зубном налёте существуют в составе комплексов. Цель настоящего исследования заключалась в попытке определить такие сообщества на основе данных большого числа образцов зубного налёта с использованием различных методов кластеризации и ординации. Образцы поддесневого зубного налёта брали с мезиальной поверхности каждого зуба у 185 человек (средний возраст 51 ± 16 лет), включая пациентов с (n = 160) и без (n = 25) пародонтита. Наличие и уровни 40 поддесневых таксонов определяли в 13 261 образце зубного налёта с помощью цельногеномных ДНК-зондов и гибридизации ДНК-ДНК по методу «шахматной доски». При каждом визите клиническую оценку проводили в 6 участках каждого зуба. Сходство между парами видов рассчитывали с использованием коэффициентов фи, а виды объединяли в кластеры методом невзвешенного среднего связывания. Ординацию сообществ выполняли с помощью анализа главных компонент и анализа соответствий. При использовании любого из аналитических методов стабильно выявляли 5 основных комплексов. В первый комплекс входила тесно связанная группа, состоящая из Bacteroides forsythus, Porphyromonas gingivalis и Treponema denticola. Второй комплекс включал тесно связанную основную группу представителей подвидов Fusobacterium nucleatum/periodonticum, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens и Peptostreptococcus micros. С этой группой также были связаны Eubacterium nodatum, Campylobacter rectus, Campylobacter showae, Streptococcus constellatus и Campylobacter gracilis. Третий комплекс состоял из Streptococcus sanguis, S. oralis, S. mitis, S. gordonii и S. intermedius. В четвёртый комплекс входили 3 вида Capnocytophaga, Campylobacter concisus, Eikenella corrodens и Actinobacillus actinomycetemcomitans серотипа a. Пятый комплекс состоял из Veillonella parvula и Actinomyces odontolyticus. Actinobacillus actinomycetemcomitans серотипа b, Selenomonas noxia и Actinomyces naeslundii геновида 2 (A. viscosus) были обособленными видами, слабо связанными друг с другом и с 5 основными комплексами. Первый комплекс особенно тесно ассоциировался с клиническими показателями заболевания пародонта, в частности с глубиной пародонтальных карманов и кровоточивостью при зондировании.