PEAKS: мощное программное обеспечение для секвенирования пептидов de novo методом тандемной масс-спектрометрии

Для идентификации белков по данным тандемной масс-спектрометрии (МС/МС) предложен ряд подходов. Наиболее распространённые методы основаны на сопоставлении экспериментальных данных МС/МС с доступными базами данных. Однако у этих методов есть ряд ограничений, и их нельзя использовать для идентификации белков из неизвестных геномов. В настоящем сообщении описан новый программный пакет для секвенирования de novo — PEAKS, предназначенный для получения информации об аминокислотной последовательности без использования баз данных. В PEAKS применяются новая модель и новый алгоритм, позволяющие эффективно вычислять наиболее вероятные последовательности пептидов, фрагментные ионы которых наилучшим образом объясняют пики спектра МС/МС. Программа формирует аминокислотные последовательности с оценками достоверности для всей последовательности, а также использует новый способ позиционной оценки отдельных участков последовательности. Эффективность PEAKS сравнивали с хорошо известной программой для секвенирования de novo Lutefisk на данных квадрупольного времяпролётного масс-спектрометра (Q-TOF), полученных для нескольких триптических пептидов стандартных белков.