Онлайн-инструмент анализа выживаемости для быстрой оценки влияния 22 277 генов на прогноз при раке молочной железы по данным микроматриц 1809 пациентов

Валидация генов-кандидатов на прогностические или предиктивные биомаркеры в когортах больных раком молочной железы с достаточной статистической мощностью имеет большое значение. Целью работы была разработка онлайн-инструмента для построения кривых выживаемости, позволяющего оценивать связь уровня экспрессии различных генов с исходами заболевания у больных раком молочной железы, не получавших лечения или получавших лечение. База данных для анализа сформирована на основе данных об экспрессии генов и выживаемости 1809 пациентов, загруженных из GEO (микроматрицы Affymetrix HGU133A и HGU133+2). Медиана безрецидивной выживаемости составила 6,43 года; 968 из 1231 пациента были эстроген-рецептор-положительными, а 190 из 1369 — с поражением лимфатических узлов. После контроля качества и нормализации оставили только зонды, представленные на обеих платформах Affymetrix (n = 22 277). Для анализа прогностической ценности конкретного гена когорту разделяли на две группы по медианному уровню его экспрессии либо по верхнему и нижнему квартилям. Группы можно сравнивать по безрецидивной выживаемости, общей выживаемости и выживаемости без отдалённых метастазов. На экран выводится кривая выживаемости, а также рассчитываются и отображаются отношение рисков с 95% доверительным интервалом и значение p по логарифмическому ранговому критерию. Кроме того, можно оценивать три подгруппы пациентов: систематически не получавших лечения, эстроген-рецептор-положительных пациентов, получавших эндокринную терапию, и пациентов с распределением клинических характеристик, соответствующим таковому в общей клинической практике США. Веб-адрес: www.kmplot.com. С помощью этого интегративного инструмента анализа данных мы подтвердили прогностическую значимость генов, связанных с пролиферацией, — TOP2A, TOP2B, MKI67, CCND2, CCND3, CCNDE2, а также CDKN1A и TK2. Мы также подтвердили возможность определения статуса эстрогеновых рецепторов по данным микроматричного анализа у 1231 пациента. Инструмент имеет большую ценность для предварительной оценки биомаркеров, особенно для научных групп с ограниченными ресурсами в области биоинформатики.