Достижения в хромосомной геномике растений

Секвенирование нового поколения (NGS) революционизирует геномику, позволяя получить новые сведения об организации, эволюции и функциях генома. Число видов растений, геномы которых планируется секвенировать, растёт. Однако получение полных последовательностей геномов крупных по размеру видов растений по-прежнему затруднено главным образом потому, что короткие прочтения, формируемые платформами NGS, не позволяют адекватно анализировать ДНК, богатую повторами и составляющую значительную часть таких геномов. Проблема избыточности последовательностей усугубляется у полиплоидов, преобладающих в царстве растений. Один из подходов к преодолению этих трудностей заключается в разделении полного ядерного генома на отдельные хромосомы методом проточной сортировки. Полученная таким способом ДНК пригодна для многих приложений, включая физическое картирование на основе ПЦР, гибридизацию in situ, создание ДНК-матриц, разработку ДНК-маркеров, построение библиотек бактериальных искусственных хромосом и позиционное клонирование. Сочетание сортировки хромосом с NGS открывает возможности для изучения организации генома на уровне отдельных хромосом, сравнительного анализа родственных видов и валидации сборок полных геномов. Помимо основной цели — снижения сложности матрицы, — хромосомный подход позволяет независимым группам работать параллельно, анализируя разные хромосомы. Поскольку число видов растений, пригодных для сортировки хромосом, увеличивается, хромосомная геномика — объединение цитологии и геномики — вероятно, внесёт значительный вклад в развитие генетики растений.