Стандарты и рекомендации по интерпретации вариантов последовательности: совместные консенсусные рекомендации Американской коллегии медицинской генетики и геномики и Ассоциации молекулярной патологии

Ранее Американская коллегия медицинской генетики и геномики (ACMG) разработала рекомендации по интерпретации вариантов последовательности (1). За последнее десятилетие технологии секвенирования стремительно развивались с появлением высокопроизводительного секвенирования нового поколения. Благодаря внедрению и широкому использованию секвенирования нового поколения клинические лаборатории проводят всё более широкий спектр генетических исследований при наследственных заболеваниях: генотипирование, анализ отдельных генов, панелей генов, экзомов, геномов, транскриптомов и эпигенетические исследования. Усложнение генетического тестирования сопровождалось появлением новых проблем интерпретации вариантов последовательности. В связи с этим в 2013 году ACMG создала рабочую группу, в которую вошли представители ACMG, Ассоциации молекулярной патологии (AMP) и Коллегии американских патологов, для пересмотра и обновления стандартов и рекомендаций по интерпретации вариантов последовательности. В состав группы вошли руководители клинических лабораторий и практикующие врачи. Настоящий документ отражает экспертное мнение рабочей группы с учётом предложений представителей ACMG, AMP и Коллегии американских патологов. Рекомендации преимущественно применимы к широкому спектру генетических исследований, выполняемых в клинических лабораториях, включая генотипирование, анализ отдельных генов, панелей генов, экзомов и геномов. В документе рекомендуется использовать стандартную терминологию — «патогенный», «вероятно патогенный», «вариант неопределённого значения», «вероятно доброкачественный» и «доброкачественный» — для описания вариантов, выявленных в генах, вызывающих заболевания с менделевским типом наследования. Кроме того, в рекомендациях описан процесс классификации вариантов по этим пяти категориям на основании критериев, учитывающих типичные виды доказательств: популяционные, вычислительные и функциональные данные, данные о сегрегации и другие. В связи с возросшей сложностью анализа и интерпретации результатов клинических генетических исследований ACMG настоятельно рекомендует выполнять такие исследования в лабораториях, соответствующих требованиям Поправок о совершенствовании клинических лабораторий (CLIA), а интерпретацию результатов поручать клиническому молекулярному генетику или молекулярному генетическому патологу, сертифицированному профильной аттестационной комиссией, либо специалисту эквивалентной квалификации.