Динамическое выявление и филогенетическая характеристика SARS-CoV-2 в муниципальных сточных водах

SARS-CoV-2 недавно был обнаружен в фекалиях, что указывает на возможность использования сточных вод для мониторинга распространённости вируса в сообществе. В настоящем исследовании методом ОТ-ПЦР в реальном времени в течение 74 дней определяли РНК SARS-CoV-2 в сточных водах. Было показано, что изменения концентрации РНК SARS-CoV-2 соответствуют началу симптомов, выявленному при ретроспективном опросе пациентов, но опережают результаты клинического тестирования. Кроме того, из образца сточных вод удалось получить почти полную последовательность генома SARS-CoV-2 (98,5%), а с помощью филогенетического анализа — установить его вирусное происхождение. В совокупности эти результаты демонстрируют, что сточные воды могут служить косвенным показателем распространённости вируса в сообществе, а секвенирование генома — использоваться для генотипирования штаммов вируса, циркулирующих среди населения.