Интеграция анализа молекулярного докинга и молекулярно-динамического моделирования для изучения пищевых белков и биоактивных пептидов

Такие методы, как молекулярный докинг, широко применяются для изучения взаимодействий и аффинности связывания, определяющих биологическую активность белков и пептидов. Однако ограниченный перебор конформаций лиганда и рецептора, а также использование приближённых скоринговых функций могут приводить к результатам, не коррелирующим с фактической экспериментальной аффинностью связывания. Молекулярно-динамическое моделирование позволяет получить ценную информацию о функциональных механизмах белков, пептидов и других биомолекул, преодолевая ограничения докинга, связанные с использованием фиксированных конформаций. В настоящем обзоре рассматривается традиционное применение таких методов, как молекулярный докинг, для изучения пищевых белков и биоактивных пептидов. Затем подробно излагаются теоретические основы молекулярно-динамического моделирования и объясняется значение этих методов для теоретического прогнозирования структурной и функциональной динамики пищевых белков и биоактивных пептидов. Также обсуждаются области применения, ограничения и перспективы молекулярно-динамического моделирования.