Практическое применение метода неравновесия по сцеплению для оценки современной эффективной численности популяции: обзор

Метод оценки современной эффективной численности популяции (N), основанный на анализе неравновесия по сцеплению (НС) между несцепленными локусами, широко применяют в природных и управляемых популяциях. В основе метода лежит модель, предполагающая ряд упрощений; большинство из них оценивали в многочисленных исследованиях за последние два десятилетия. В этом обзоре обобщены результаты таких оценок с акцентом на сведения, необходимые для практического применения метода в природных популяциях. Рассмотрены потенциальные источники систематического смещения: расчёт r — показателя НС, поправки на ошибку выборки, физическое сцепление, возрастная структура, миграция и пространственная структура, мутации и отбор, системы спаривания, изменения численности, редкие аллели, пропущенные данные, ошибки генотипирования, выбор параметров фильтрации данных и способы объединения нескольких оценок N. Обсуждаются факторы, влияющие на точность: псевдорепликация, ограничивающая прирост информации при использовании крупных геномных наборов данных, ограничения, обусловленные малым числом особей в выборке, и сложности получения надёжных оценок для крупных популяций. Дальнейшего изучения требуют взвешивание значений r с учётом частоты аллелей, объединение выборок особей, использование вероятностей генотипов вместо определённых генотипов, исключение высоких значений НС и применение метода к видам с частичной моногамией.