Вклад нозокомиальной передачи в неонатальный сепсис, вызванный Klebsiella pneumoniae, в Африке и Южной Азии: обсервационное исследование инфекционных кластеров, реконструированных по геномике возбудителя и временным данным

Введение: Klebsiella pneumoniae является ведущей причиной сепсиса у новорождённых в странах с низким и средним уровнем дохода в Африке и Азии, внося существенный вклад в общую нагрузку инфекций, вызванных антимикробной резистентностью, и смертности новорождённых во всём мире. Секвенирование возбудителя применяли для изучения кластеров случаев и подтверждения нозокомиальной передачи лишь в небольшом числе неонатальных отделений. В настоящем исследовании использовали данные о последовательностях возбудителя для оценки доли неонатального сепсиса, вызванного K. pneumoniae, обусловленной нозокомиальной передачей в странах Африки и Южной Азии.

Методы и результаты: Оценивали долю инвазивной инфекции, вызванной K. pneumoniae, вовлечённой в кластеры нозокомиальной передачи в конкретном неонатальном отделении, с использованием кластеризации по принципу одиночной связи на основе попарных временных и генетических расстояний, рассчитанных по данным полногеномного секвенирования бактерий, объединённым из 10 исследований. Анализ 1523 изолятов K. pneumoniae из 27 отделений в 13 странах Африки и Южной Азии за 2013–2023 годы позволил выделить 156 кластеров нозокомиальной передачи, включавших от 2 до 188 новорождённых каждый (83 кластера включали 3 и более случаев). В целом 1035 неонатальных инфекций (68,0%) были частью кластеров нозокомиальной передачи. Если исключить первую инфекцию в каждом кластере как потенциальный индексный случай, то не менее 879 инфекций (57,7%) были приобретены нозокомиально. Анализ чувствительности показал, что результаты устойчивы к выбору методов оценки генетической дистанции и порогов, использованных для определения кластеров, а оценки кластеров были стабильны при временных порогах от 2 до 8 недель. Большинство изолятов продуцировали бета-лактамазы расширенного спектра (90,9%) и относились к 172 типам по multilocus sequence typing (ST). Четырнадцать ST, включая несколько глобально признанных мультирезистентных линий, были связаны с кластерами передачи в нескольких отделениях и в совокупности обусловили две трети всех инфекций. Наличие генов карбапенемаз было значимо положительно связано с передачей в модели логистической регрессии с учётом места исследования как ковариаты (скорректированное отношение шансов [aOR] 2,08; 95% доверительный интервал [ДИ] 1,04–4,14; p=0,04), как и наличие генов бета-лактамаз расширенного спектра (aOR 2,48; 95% ДИ 1,26–4,90; p=0,006). Ограничениями исследования были недостаточность клинических данных для высокоточного анализа динамики передачи и отсутствие данных на уровне учреждений для изучения факторов, объясняющих различия в бремени передачи между площадками.

Выводы: Нозокомиальная передача вносит существенный вклад в сепсис, вызванный K. pneumoniae, в неонатальных отделениях Африки и Южной Азии. Снижение передачи в этих условиях за счёт усиления инфекционного контроля и других мер может значительно уменьшить бремя неонатального сепсиса. Высокая частота кластеров передачи связана с теми же лекарственно-устойчивыми линиями, которые признаны высокорисковыми клонами, ассоциированными с госпитальными вспышками в странах с высоким уровнем дохода, что указывает на глобальную связанность популяции патогенов с антимикробной резистентностью.