Увеличение гетерозиготности: метод на основе однонуклеотидного полиморфизма, использующий только эмбриональный материал, для выявления мейотических трисомий при преимплантационном генетическом тестировании на анеуплоидии

Исследовательский вопрос: Можно ли по данным однонуклеотидного полиморфизма эмбриона надежно выявлять мейотические трисомии при ПГТ-А без образцов ДНК родителей, используя увеличение гетерозиготности (GOH)?

Дизайн: Ретроспективное одноцентровое лабораторное исследование с использованием обезличенных данных биопсии трофэктодермы из программы комбинированного тестирования на моногенные заболевания и анеуплоидии. После полногеномной амплификации и генотипирования на SNP-микроматрице хромосомы делили на сегменты примерно по 150 гетерозиготных маркеров с использованием панели эуплоидного референса. GOH рассчитывали как относительное увеличение гетерозиготности на сегмент; сегменты с увеличением на 30% и более считали GOH-положительными, а хромосомы с тремя и более последовательными GOH-положительными сегментами классифицировали как мейотические трисомии. Мейотическое происхождение подтверждали по анализу родительских гаплотипов (karyomapping).

Результаты: Среди 209 мейотических трисомий (205 поддавались оценке) алгоритм GOH правильно классифицировал 200, что соответствовало чувствительности 97,6%. Ошибки классификации в основном возникали на малых хромосомах с ограниченным охватом GOH; одна ошибка была у эмбриона из близкородственного союза со сниженной гетерозиготностью. В клинической когорте 1261 бластоцисты (301 цикл ЭКО; средний возраст матери 34,2 года) 63,6% были эуплоидными, 29,9% — равномерно анеуплоидными и 6,5% — мозаичными. Анализ GOH выявил 200 мейотических трисомий и 5 мейотических триплоидий. В GOH-положительных регионах число гетерозиготных SNP увеличивалось на 45,6% по сравнению с диплоидным фоном и в среднем охватывало 74,1% длины трисомной хромосомы. Среди 410 событий хромосомных ошибок 89% были связаны с материнским мейозом; у мозаичных эмбрионов вклад родителей был сбалансированным.

Выводы: GOH позволяет на основе данных только эмбриона и SNP-анализа классифицировать трисомии как мейотические или митотические в качестве дополнения к стандартной оценке вариаций числа копий и соотношения B-аллелей, без необходимости в ДНК родителей. Такая дополнительная механистическая детализация может снизить клинически значимую ошибочную классификацию трисомий.