Профили микробиома матки, связанные с эндометриозом

Введение: Эндометриоз — хроническое воспалительное заболевание, которым страдают около 10% женщин репродуктивного возраста; оно часто сопровождается тазовой болью и бесплодием. Несмотря на широкую распространённость заболевания, диагностика нередко запаздывает из-за неспецифических симптомов и отсутствия надёжных неинвазивных биомаркеров. Новые данные указывают на возможную роль микробиома в патогенезе эндометриоза.

Результаты: С помощью секвенирования гена 16S рРНК мы проанализировали микробиом матки в 266 образцах тканей, полученных в фазу пролиферации или секреторную фазу. На уровне родов содержание Lactobacillus различалось у разных участниц. В фазу пролиферации у пациенток наблюдалась тенденция к повышению представленности Prevotella. При анализе на уровне подродов выявлено небольшое число таксонов с различиями по представленности, однако после поправки на долю ложных открытий (FDR) ни одно из них не достигло статистической значимости. Для выявления тонких изменений микробного состава мы сформировали набор признаков, объединив таксоны с небольшими различиями, таксоны, отобранные алгоритмами машинного обучения, и функциональный показатель дисбиоза. Классификатор, обученный на данных, полученных в фазу пролиферации, показал умеренную прогностическую точность (AUC = 0,70), тогда как модели для секреторной фазы работали хуже (AUC = 0,58).

Выводы: Потенциальная информативность микробиома матки для определения наличия эндометриоза зависит от фазы менструального цикла. Устойчивых отдельных микробных биомаркеров выявить не удалось, однако модели машинного обучения, учитывающие небольшие особенности микробного сообщества в фазу пролиферации, продемонстрировали умеренный диагностический потенциал. Результаты подчёркивают важность учёта фазы менструального цикла при взятии образцов и обосновывают дальнейшую разработку диагностических инструментов на основе анализа микробиома при эндометриозе.