Секвенирование образцов из верхних дыхательных путей у детей с низкой аналитической информативностью: серия случаев и рекомендации по оформлению результатов

Клиническая интерпретация результатов респираторного секвенирования затруднена при ограниченной аналитической поддержке или несоответствии данных секвенирования результатам рутинных лабораторных исследований. На основе исходного случая с крайне низкой аналитической информативностью мы сформировали ретроспективную описательную серию случаев у детей, чтобы охарактеризовать типичные ситуации, возникающие при интерпретации, и предложить практическую систему оформления лабораторных заключений. Ретроспективно изучали архивные образцы из верхних дыхательных путей детей с респираторными симптомами, которым выполняли как рутинные исследования на респираторные инфекции, так и секвенирование для выявления патогенов. По доступным медицинским записям оценивали клинические признаки, интерпретацию результатов рутинных исследований, показатели секвенирования, наиболее значимые выявленные последовательности, сроки выдачи результатов, тактику ведения и краткосрочные исходы. В исследование включили 10 детей в возрасте от 6 до 10 лет. Рутинное исследование было расценено как положительное на грипп в 8 случаях и как отрицательное в 2 случаях. Число сохранённых контигов, ассоциированных с патогенами, было небольшим (медиана — 12,5; диапазон — 5–17), а количество подтверждающих выравнивание пар прочтений — низким (медиана — 408,5; диапазон — 384–453). Среди наиболее значимых совпадений при низкой поддержке были риновирус/риновирус B в 6 случаях, респираторно-синцитиальный вирус в 2 случаях и последовательности, связанные с Mycoplasma, в 2 случаях. Результаты, связанные с Mycoplasma, интерпретировали с осторожностью: ограниченные данные секвенирования, отражённые в отчёте, и отсутствие независимого подтверждения, серологических исследований в парных образцах, подтверждения в образцах из нижних дыхательных путей или анализа отрицательного контроля, обработанного вместе с исследуемым образцом, не позволяли уверенно отличить активную инфекцию от носительства или колонизации, транзиторного обнаружения, коинфекции неопределённой клинической значимости и контаминации. Ни в одном случае не было документировано независимое подтверждение или отрицательный контроль, обработанный вместе с исследуемым образцом. Уточнение у медицинских работников показало, что использовались отрицательные контроли на уровне серии анализов, фоновых прочтений, связанных с респираторными патогенами, не выявляли, применяли фильтрацию с учётом риска контаминации и выполняли ручную проверку; однако исходные отчёты по контролю качества на уровне серии анализов получить независимо не удалось. В этой небольшой целенаправленно сформированной серии случаев у детей результаты респираторного секвенирования с низкой аналитической информативностью правильнее рассматривать как сигналы с ограниченной доказательной ценностью, требующие осторожной интерпретации. Поэтому обнаружение при низкой поддержке следует расценивать как наблюдение, формирующее диагностическую гипотезу, а не как признак, определяющий диагноз. Предложенная система предназначена для предварительной структурированной интерпретации результатов и оформления заключений, но не является валидированным диагностическим алгоритмом.