Иммунный ландшафт рака

Проведен масштабный иммуногеномный анализ более 10 000 опухолей, представляющих 33 разные нозологические формы рака, с использованием данных TCGA. Во всех типах опухолей выделены шесть иммунных подтипов — заживляющий рану, доминирующий по IFN-γ, воспалительный, с истощением лимфоцитов, иммунологически тихий и доминирующий по TGF-β — различающихся по макрофагальным или лимфоцитарным сигнатурам, соотношению клеток Th1:Th2, степени внутриопухолевой гетерогенности, анеуплоидии, выраженности неоантигенной нагрузки, общей пролиферации клеток, экспрессии иммуномодулирующих генов и прогнозу. Определенные драйверные мутации коррелировали со снижением уровня лейкоцитов (CTNNB1, NRAS или IDH1) либо с его повышением (BRAF, TP53 или CASP8) во всех опухолях. Взаимодействия опухоли с иммунными клетками определялись множественными механизмами регуляции внутриклеточных и внеклеточных сетей — транскрипцией, микроРНК, числом копий и эпигенетическими процессами — как между, так и внутри иммунных подтипов. Предложенный нами иммуногеномный подход к характеристике этих гетерогенных опухолей и полученные данные предназначены для использования в качестве ресурса для будущих целевых исследований и дальнейшего развития этой области.