Молекулярные и фармакологические регуляторы иммунного контекста опухоли, выявленные методом деконволюции данных RNA-seq

Мы представляем quanTIseq — метод количественной оценки долей десяти типов иммунных клеток по данным массового РНК-секвенирования. Метод quanTIseq прошёл всестороннюю валидацию на образцах крови и опухолевой ткани с использованием смоделированных данных, данных проточной цитометрии и иммуногистохимии. Анализ 8000 образцов опухолей методом quanTIseq показал, что инфильтрация цитотоксическими Т-клетками сильнее связана с активацией оси CXCR3/CXCL9, чем с мутационной нагрузкой, а показатели клеточного состава, рассчитанные методом деконволюции, обладают прогностической ценностью при нескольких солидных опухолях. Наконец, с помощью quanTIseq мы показали, как ингибиторы киназ изменяют иммунный контекст опухоли, и выявили типы иммунных клеток, определяющие различия в ответе пациентов на ингибиторы иммунных контрольных точек. Доступность: quanTIseq доступен по адресу http://icbi.at/quantiseq.