Комплексный анализ scRNA-seq и scATAC-seq выявляет CXCL14 как ключевой регулятор метастазирования рака молочной железы в лимфатические узлы

Генетические и эпигенетические различия между первичными опухолями и метастазами могут влиять на эффективность лечения больных раком молочной железы. Тем не менее клеточные и молекулярные механизмы метастазирования рака молочной железы в лимфатические узлы до сих пор остаются недостаточно изученными. В настоящем исследовании с помощью одноклеточного РНК-секвенирования были получены транскриптомные профили отдельных клеток из первичных опухолей, лимфатических узлов без метастазов (NL) и лимфатических узлов с метастазами (PL). Кроме того, для образцов PL и NL проведено одноклеточное секвенирование доступного для транспозазы хроматина (scATAC-seq), позволившее оценить профиль доступности хроматина. В PL у больных раком молочной железы выявлена новая субпопуляция клеток с аномально высокой экспрессией CXCL14. Анализ клеточной траектории также показал повышение экспрессии CXCL14 на поздних этапах псевдовремени. Кроме того, на тканевом микрочипе образцов 55 пациентов и с использованием базы данных Oncomine подтверждено, что экспрессия CXCL14 значительно выше у больных раком молочной железы с метастазами в лимфатические узлы. С помощью scATAC-seq также выявлено несколько транскрипционных факторов, которые могут регулировать метастазирование рака молочной железы в лимфатические узлы. Полученные результаты расширяют современные представления о механизмах метастазирования в лимфатические узлы и могут способствовать разработке новых прогностических маркеров лимфогенного метастазирования рака молочной железы.