Геномный контекст опухолей с NTRK1/2/3-положительными слияниями в большой реальной популяции

Слияния генов нейротрофической тропомиозин-рецепторной киназы (NTRK) — редкие онкогенные драйверы солидных опухолей. Целью исследования было проанализировать большую реальную базу данных с результатами комплексного геномного профилирования, чтобы описать геномный ландшафт и распространённость слияний NTRK. Опухоли с положительными слияниями NTRK выявляли в базе FoundationCORE, включавшей более 295 000 пациентов с раком. Изучали распространённость и сопутствующий геномный ландшафт слияний NTRK, прогнозировали происхождение пациентов и сравнивали когорту FoundationCORE с когортами клинических исследований энтректиниба (ALKA-372-001 [EudraCT 2012-000148-88]; STARTRK-1 [NCT02097810]; STARTRK-2 [NCT02568267]). Общая распространённость опухолей с положительными слияниями NTRK составила 0,30% среди 45 видов рака; было выявлено 88 уникальных пар партнеров слияния, из которых 66% ранее не были описаны. Во всей совокупности случаев распространённость составила 0,28% у пациентов в возрасте 18 лет и старше и 1,34% у пациентов моложе 18 лет; максимальной она была у детей младше 5 лет (2,28%). Наибольшая распространённость слияний NTRK наблюдалась в опухолях слюнных желез (2,62%). Наличие слияний генов NTRK не коррелировало с другими клинически значимыми биомаркерами; в раке молочной железы и колоректальном раке не было их сочетания с известными онкогенными драйверами. Однако при колоректальном раке положительность по слияниям NTRK была связана со спонтанной микросателлитной нестабильностью (MSI); в этой подгруппе MSI-положительного колоректального рака наблюдалась взаимная исключаемость с мутациями BRAF. Типы опухолей с положительными слияниями NTRK имели сходную частоту в FoundationCORE и в клинических исследованиях энтректиниба. Распространённость слияний генов NTRK значительно варьировала в зависимости от возраста, типа рака и гистологии. Анализ больших массивов данных лучше позволяет понять характеристики крайне редких молекулярных подгрупп рака и выявлять геномные закономерности и ранее не описанные партнеры слияния, которые не видны в меньших наборах данных.®