Leuconostoc koreense sp. nov. — новый вид бактерий, выделенный из кимчи (ферментированных овощей)

Введение: Новый штамм CBA3628 был выделен из кимчи — корейского традиционного блюда из ферментированных овощей.

Методы и результаты: Штамм CBA3628 представляет собой грамположительные факультативно-анаэробные кокки, не обладающие каталазной и оксидазной активностью. Результаты филогенетического анализа на основе секвенирования гена 16S рРНК подтвердили принадлежность штамма к роду Leuconostoc семейства Leuconostocaceae. Геном CBA3628 состоит из кольцевой хромосомы и трех плазмид общим размером 1 864 558 п. н. (содержание Г+Ц пар — 37%) и включает 1887 генов, из которых 1762 являются предполагаемыми белок-кодирующими последовательностями, а также 4 полных локуса рРНК и 70 генов тРНК. Клетки неподвижны, не обладают гемолитической активностью и не образуют спор. Оптимальный рост штамма наблюдается при температуре 30 °C, pH 6,0 и концентрации NaCl 0–2%. Основными полярными липидами являются дифосфатидилглицерин и фосфатидилглицерин. Среди жирных кислот преобладают (>10%) C16:0, C20:0 и C19:0 cyclo ω8. Пептидогликан клеточной стенки относится к типу A3α.

По сходству последовательности гена 16S рРНК штамм наиболее близок к L. mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293, L. mesenteroides subsp. dextranicum DSM 20484 и L. suionicum DSM 20241 (99,52%). Однако значения среднего сходства нуклеотидных последовательностей (ANI) 91,1–91,9% и результаты цифровой ДНК-ДНК гибридизации (dDDH) около 45,5% указывают на то, что изолят представляет собой отдельный вид. Филогенетический анализ выявил, что CBA3628 образует обособленную линию в составе рода Leuconostoc и наиболее близок к L. litchii MB7 (ANI — 84,9%, dDDH — 22,8%). В геноме CBA3628 (>7,9%) отмечено повышенное содержание функциональных генов, относящихся к категориям COG E, J и K.

Выводы: На основании совокупности физиологических, хемотаксономических, филогенетических и геномных характеристик штамм CBA3628 предложено классифицировать как новый вид рода Leuconostoc под названием Leuconostoc koreense sp. nov. (типовой штамм CBA3628 = KACC 23049 = DSM 116836).