Эмпирическое назначение азитромицина изменяет микробиом и резистом верхних дыхательных путей, не оказывая противовоспалительного эффекта при COVID-19

Азитромицин — широко применяемый антибиотик, который во время пандемии COVID-19 часто назначали госпитализированным пациентам. Влияние эмпирического назначения азитромицина на микробиом дыхательных путей при вирусных инфекциях изучено недостаточно. В этом исследовании с продольным метатранскриптомным анализом мазков из носа участвовали 1164 пациента, госпитализированных с COVID-19; набор проводился в нескольких центрах проспективно. Сравнили микробиом верхних дыхательных путей, резистом и системный иммунный ответ у пациентов, получавших азитромицин (n = 366), не получавших антибиотики (n = 474) или получавших другие антибиотики (n = 324). Азитромицин изменял состав микробиома и повышал экспрессию и относительную долю генов устойчивости к макролидам, линкозамидам и стрептограминам (MLS). Эти изменения возникали уже после одного дня приёма и сохранялись более недели. Экспрессия генов устойчивости к MLS была связана с комменсальными микроорганизмами и потенциальными патогенами; при этом экспрессия генов воспаления в крови и дыхательных путях не различалась. Таким образом, эмпирическое лечение азитромицином влияет на микробиом и резистом верхних дыхательных путей, но не обеспечивает очевидного противовоспалительного эффекта.