Систематическая оценка выпадения аллелей при преимплантационном генетическом тестировании моногенных заболеваний: частота, выявление и клинические стратегии тестирования

Цель: Хотя преимплантационное генетическое тестирование моногенных заболеваний (ПГТ-М) широко применяется в клинической практике, частота выпадения аллелей и его клинические последствия при прямом выявлении вариантов остаются недостаточно охарактеризованными. Цель исследования — систематически оценить частоту выпадения аллелей при ПГТ-М и определить практические стратегии тестирования для минимизации его влияния.

Дизайн: Ретроспективное исследование.

Пациенты: В исследование включены 516 пар, проходивших ПГТ-М с декабря 2020 по сентябрь 2025 года.

Воздействие: Биопсию трофэктодермы выполняли на 5-й или 6-й день развития бластоцист, после чего проводили полногеномную амплификацию методом множественного вытеснения (MDA). Стратегия ПГТ-М включала два компонента: (1) разработанную индивидуально панель секвенирования следующего поколения (NGS), охватывающую экзонные области и прилежащие однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) генов-мишеней, что позволяло проводить семейный анализ сцепления гаплотипов в сочетании с прямым выявлением вариантов в эмбрионах; и (2) секвенирование по Сэнгеру для прямого выявления вариантов в продуктах MDA.

Основные показатели исхода: Частота выпадения аллелей при ПГТ-М, выявляемая напрямую с помощью панели NGS и секвенирования по Сэнгеру.

Результаты: Было протестировано 2949 эмбрионов из 516 семей, охватывавших 3942 локуса вариантов в 188 генах. В целом выпадение аллелей было выявлено в 425 локусах (10,78%) в 70 генах у 136 из 516 пациентов (26,36%). Панель NGS выявила выпадение аллелей в 160 локусах (4,06%) в 24 генах, тогда как секвенирование по Сэнгеру — в 293 локусах (7,43%) в 61 гене; различие было статистически значимым (P < 0,001). Среди всех событий выпадения аллелей совпадение обоих методов наблюдалось лишь в 6,59% (28/425) локусов, что указывает на минимальное перекрытие. Во всех наступивших беременностях рекомендовали пренатальную диагностику, и результаты ПГТ-М, полученные методом панели NGS, полностью совпадали с анализом клеток амниотической жидкости плода.

Вывод: Панель ПГТ-М на основе NGS характеризуется относительно низкой частотой выпадения аллелей при одновременном проведении анализа гаплотипов, что поддерживает ее использование в качестве предпочтительной первой линии тестирования. Рутинное секвенирование по Сэнгеру можно исключить из клинической практики. В случаях, когда результаты панели NGS расходятся при прямом выявлении варианта и сцеплении гаплотипов, для подтверждения можно использовать целевое секвенирование по Сэнгеру.