Стандартизированная аннотация фенотипов по онтологии человеческого фенотипа обеспечивает высококачественный сбор фенотипических данных в реальной когорте пациентов с общей вариабельной иммунной недостаточностью

Введение: У пациентов с общей вариабельной иммунной недостаточностью (ОВИН) отмечаются разнообразные клинические проявления, что указывает на неоднородность патогенетических механизмов. Для изучения этой неоднородности необходимо систематически оценивать фенотипы в крупных когортах. Онтология человеческого фенотипа (Human Phenotype Ontology, HPO) обеспечивает структурированную основу для описания и сопоставления фенотипов заболеваний.

Цель: Оценить применение систематического фенотипирования на основе HPO у пациентов с ОВИН, включённых в национальную когорту взрослых пациентов с первичными иммунодефицитами для проведения полногеномного секвенирования.

Методы: Разработан веб-инструмент для регистрации фенотипов и проведено структурированное обучение практикующих врачей с целью стандартизации аннотации по HPO. Числовые лабораторные показатели сопоставляли с соответствующими терминами HPO для расширения сведений о пациентах.

Результаты: Фенотипы 526 пациентов с ОВИН, наблюдавшихся в 11 центрах Великобритании, были описаны с использованием кодов HPO. Обучение врачей повысило детальность фенотипирования и улучшило согласованность оценок между врачами. В когорте было присвоено 883 уникальных термина HPO; с помощью логических правил пациентов разделили на группу только с инфекциями и группу со сложным фенотипом (42% и 58% соответственно). У пациентов со сложным фенотипом значительно чаще отмечались снижение доли переключённых клеток памяти и увеличение числа CD21B-клеток, а также патогенные варианты генов, включённых в список IUIS в целом, и патогенные варианты NFKB1 в частности. Наличие патогенного варианта гена из списка IUIS ассоциировалось с аутоиммунной гемолитической анемией [HP:0001890], а наличие патогенного варианта NFKB1 — с аутоиммунной нейтропенией [HP:0001904].

Выводы: Это первое исследование, в котором систематически собраны детализированные фенотипы, закодированные по HPO, в крупной реальной когорте пациентов с ОВИН. Полученные данные уточняют представления о спектре ОВИН и формируют полный набор терминов HPO, применимый в международных исследованиях.