Выявление SNP, определение генотипов и оценка частот аллелей в выборке по данным секвенирования нового поколения

Представлен статистический подход к оценке и использованию спектра частот аллелей в выборке по данным секвенирования нового поколения (NGS). На первом этапе спектр частот аллелей оценивают методом максимального правдоподобия. В отличие от ранее предложенных методов, функцию правдоподобия вычисляют с помощью алгоритма динамического программирования, а численную оптимизацию проводят с использованием аналитических производных. Затем применяют байесовский метод для оценки частоты аллеля в отдельной позиции и показывают, как его можно использовать для определения генотипов и выявления SNP. Также описано расширение метода на различные ситуации, в том числе на случаи отклонения от равновесия Харди—Вайнберга. Статистические свойства методов оценивали с помощью моделирования и при анализе реального набора данных.