Адаптация рекомендаций ACMG/AMP по классификации вариантов последовательности для одно-генных вариантов числа копий

Цель: Возможность получать с помощью одной технологии — секвенирования нового поколения — данные как о вариантах последовательности, так и о вариантах числа копий (CNV) привела к сближению клинической цитогенетики и молекулярной генетики. В связи с этим различие между вариантами последовательности и CNV становится размытым. Поскольку стандарты и рекомендации Американской коллегии медицинской генетики и геномики и Ассоциации молекулярной патологии (ACMG/AMP) 2015 года по интерпретации вариантов последовательности лишь в ограниченной степени рассматривают классификацию CNV, целью настоящего исследования была адаптация критериев ACMG/AMP для интерпретации одно-генных CNV.

Методы: Были разработаны модификации критериев ACMG/AMP, специфичные для CNV, и их применимость независимо оценили три диагностические лаборатории. Команды каждой лаборатории интерпретировали одни и те же 12 одно-генных CNV с использованием трёх систем: (1) без рекомендаций ACMG/AMP, (2) с критериями ACMG/AMP и (3) с новыми модификациями. В репликационном исследовании на 12 других CNV валидировали модифицированные критерии.

Результаты: Представленная система адаптированных критериев обеспечила более высокую согласованность результатов и удобство применения при классификации одно-генных CNV по сравнению с использованием рекомендаций ACMG/AMP по интерпретации вариантов последовательности.

Выводы: Эти модификации критериев для одно-генных CNV могут использоваться как дополнение к рекомендациям ACMG/AMP по вариантам последовательности, обеспечивая более последовательный рабочий процесс и приближая создание единой системы классификации вариантов последовательности и изменений числа копий.