Молекулярная эпидемиология респираторных вирусных инфекций у госпитализированных детей в Новосибирске, Россия, в 2021–2023 гг

Введение: Острые респираторные инфекции (ОРИ) относятся к ведущим причинам заболеваемости и смертности детей во всем мире. Хотя вирусные возбудители ОРИ тщательно мониторируются, другие патогенные микроорганизмы и патобионты — бактерии и грибы, входящие в состав микробиоты организма, — по-прежнему остаются в значительной степени без внимания. Особого внимания также требуют типы аденовируса, особенно с учетом широкого применения вакцин на основе аденовирусных векторов во время пандемии COVID-19.

Методы: Ороназальные мазки, полученные у 1679 детей в возрасте до 18 лет, госпитализированных в Новосибирске в период с февраля 2021 г. по июнь 2023 г., исследовали на наличие нуклеиновых кислот с помощью диагностической панели, выявлявшей 17 вирусов, 12 бактерий и один вид дрожжевых грибов. В образцах с положительным результатом на аденовирус дополнительно проводили детальное типирование методом секвенирования по Сэнгеру.

Результаты: В целом 79,15% образцов были положительными как минимум на один из 17 вирусных возбудителей; в этиологической структуре преобладали респираторный синцитиальный вирус (РСВ; 22,87% положительных образцов) и риновирус (RhV; 24,54%). Респираторные патобионты и условно-патогенные микроорганизмы выявлялись в ороназальных образцах в 67,96 и 11,49% случаев соответственно. В целом сезонность вирусных инфекций соответствовала типичной для континентального климата; отмечены лишь два существенных отклонения: отсутствие метапневмовируса (MpV) весной 2022 г. с последующим более ранним пиком выявления в декабре того же года, а также более ранний пик РСВ в октябре 2021 г. с продолжительной циркуляцией в следующем эпидемическом сезоне. В целом эпидемиология изученных вирусов соответствовала мировым данным надзора и оставалась преимущественно стабильной в течение двух последних эпидемических сезонов. При анализе вирусно-бактериальных ассоциаций выявлены две статистически значимые положительные ассоциации; известно, что соответствующие вирусы способствуют адгезии бактерий к эпителию дыхательных путей. Детальное типирование аденовирусов дало предварительные данные о том, что среди типированных образцов чаще всего выявлялись серотипы 1, 2, 3 и 7, тогда как вакцинный серотип AdV-5 обнаружен лишь в двух случаях.

Выводы: Широкий спектр исследованных мишеней позволил провести комплексный анализ эпидемиологических закономерностей, выявить тенденцию к стабилизации этиологической структуры и ее возвращению к допандемическому уровню, а также определить приоритетные клинически значимые вирусно-бактериальные ассоциации. Предварительные результаты детального типирования аденовирусов соответствуют мировым тенденциям распространенности серотипов и помогают восполнить важный пробел в региональных данных по эпидемиологии аденовирусной инфекции.