Культивирование бактерий мочевого пузыря у женщин выявляет взаимосвязанную урогенитальную микробиоту

Метагеномный анализ показал, что в мочевом пузыре у женщин присутствует резидентная микробиота. Однако доступно лишь небольшое число культивируемых референсных штаммов с секвенированными геномами, пригодных для функционального и экспериментального анализа. В настоящем исследовании выделены и секвенированы геномы 149 бактериальных штаммов из мочи, полученной при катетеризации, у 77 женщин. Созданная коллекция включает 78 видов, представляющих примерно две трети бактериального разнообразия в исследованных мочевых пузырях; среди них — протеобактерии, актинобактерии и фирмикуты. Подробное геномное и функциональное сравнение микробиоты мочевого пузыря с микробиотой желудочно-кишечного тракта и влагалища продемонстрировало сходство влагалищной микробиоты и микробиоты мочевого пузыря, но их функциональный потенциал отличался от такового у кишечной микробиоты. Филогенетический анализ целых геномов бактериальных штаммов, выделенных из влагалища и мочевого пузыря у одних и тех же женщин, выявил высокое сходство штаммов Escherichia coli, Streptococcus anginosus, Lactobacillus iners и Lactobacillus crispatus. Это указывает на взаимосвязанность женской урогенитальной микробиоты, характерную не только для патогенов, но и для комменсалов, ассоциированных со здоровьем.